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Nascido em Chicago em 1942, como quase todo psicopata John teve uma infância traumática onde era espancado e humilhado por seu pai alcoólatra. Apesar disso, ele era considerado um ótimo rapaz, com QI elevado, elegante e educado, que sempre tratou muito bem a mãe e a irmã, de quem sempre foi sempre muito próximo.

Foi formado em administração, começou trabalhando numa loja de sapatos e anos depois na lanchonete do pai de sua primeira esposa. John era muito envolvido com trabalhos comunitários, tanto é, que chegou a ganhar o prêmio de "Homem do ano" na região. Mas nem tudo são flores, e mesmo sendo casado e com um casal de filhos John não conseguia esconder sua homossexualidade, chegou a ser condenado em 1968 por agressão sexual a um rapaz, ele fora condenado a 10 anos de prisão, mas acabou saindo quase 8 anos antes por bom comportamento. Foi abandonado pela esposa, e rejeitado pela família, então resolveu começar uma nova vida. Entrou na carreira política da cidade, e pouco tempo após disso se casou com uma amiga de infância, com quem teve duas filhas e abriu seu próprio negócio. Foi nessa época que ele começou a se fantasiar de palhaço para animar festa infantis, sem cobrar nada apenas para ser um bom moço.
Mas algo começou a não fazer sentido, histórias começaram a surgir e a boa imagem que haviam criado de John começava a se desfazer. John oferecia emprego para garotos de idade entre 16 e 17 anos, muitas vezes sem experiência, tais garotos de acordo com funcionários, trabalhavam apenas alguns dias e depois nunca mais eram vistos. John oferecia várias festas e jantares de gala, e todos sempre adoravam a festa, e toda a recepção que ele proporcionava, o único porém era o cheio ruim e estranho que vinha de seu jardim. John afirmava que o cheio vinha de um problema no encanamento e assim todo aquele cheiro era apenas de esgoto.
Os casos de desaparecidos foram surgindo cada vez mais na delegacia local, mas um caso chamou atenção; o caso de Robert Piest. Robert era um garoto que trabalhava na farmácia da cidade, certo dia ele disse a seu patrão que iria numa entrevista de emprego numa construtora, ele foi para a tal entrevista e nunca mais voltou. Os pais de Robert comunicaram a polícia sobre o desaparecimento e como o jovem era conhecido por ser um bom garoto a hipótese de fuga nem foi cogitada, foi então que fizeram uma busca pela cidade, mas não encontraram nada, nem uma pista sequer do sumiço de Robert, então eles foram atrás do homem que marcou a entrevista: John Wayne Gacy. O mesmo quando entrou em contato com a policia pela primeira vez disse que havia marcado sim a entrevista, mas Robert nunca tinha aparecido. Porém a policia não se convenceu principalmente após ver seus antecedentes, foi então que eles começaram a seguir Gacy.
Após alguns dias nada havia surgido de novo sobre o caso de Robert, então a procuradoria do estado conseguiu um mandato de busca na casa de Gacy. Nessa busca eles acharam objetos suspeitos que de nada tinham a ver com Gacy ou a imagem que ele passava: brinquedos eróticos como algemas, cintas ligas, e algo que aumentou ainda mais as suspeitas da policia: um anel de formatura que pertencia a um dos garotos também desparecidos. Eles também haviam reparado que John havia recentemente cavado debaixo de sua casa, ele dissera que era para sua nova rede de encanamentos, mas um dos policiais mais experientes disse que aquilo não era cheiro de esgoto, mas de corpos em decomposição.
Depois a busca os policiais continuaram a seguir John, e notaram que ele passara por locais que sempre frequentara se despedindo das pessoas, surgiu a hipótese de suicídio, mas na verdade ele quis ser preso pois deu a dois rapazes num posto de gasolina uma grande quantia de droga de graça, a policia o prendeu por tráfico de drogas e tempos depois conseguiu mais um mandato de busca para sua casa, dessa vez para a parte debaixo dela. Nessa segunda busca eles encontraram uma carcaça humana, e então avisaram Gacy que agora ele era acusado de assassinato, Gacy resolveu colaborar e contou aos policiais sobre a morte de mais 30 jovens, como os matou, como os abusou e onde os enterrou. Seu modus operanti era: se passar por policial perto de boates gays, sequestrar os garotos, e os fazer desmaiar com clorofórmio, e então os amarrava, abusava, estrangulava e por fim enterrava ali mesmo em seu porão. 

Depois de tudo isso ele foi julgado e condenado a morte, sendo executado em 9 de maio de 1994. Desde então o psicopata ficou famoso e virou inspiração para musicas, quadros, e livros como o caso de It de Stephen King.